Tài xế các phương tiện qua lại đóng phí cửa khẩu.
Năm 2015 với gần 137 ngàn lượt phương tiện qua lại cửa khẩu phải chịu phí, trong đó nhiều nhất là xe khách gần 59 ngàn lượt, phương tiện vận tải chở hàng hóa xuất nhập cảnh hơn 45 ngàn, còn lại là các phương tiện khác như xe chuyển khẩu xe quá cảnh... Trạm đã thu được hơn 128,8 tỷ đồng, đã nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định, bình quân mỗi ngày thu trên 330 triệu đồng.
Việc thu phí sử dụng công trình kết cấu hạ tầng đối với phương tiện ra, vào cửa khẩu quốc tế Mộc Bài được ưu tiên dùng để tỉnh duy tu, sửa chữa, đầu tư mới các công trình tại cửa khẩu quốc tế và các công trình quan trọng khác ở địa phương. Được biết hiện nay Trạm kiểm soát liên hợp cửa khẩu quốc tế Mộc Bài được di dời tạm về Siêu Thị công ty Thế Kỷ Vàng (Siêu thị GC) nằm trên đường 75 A để sửa chữa, cải tạo lại Trạm với tổng mức đầu tư là 47 tỷ đồng. Dự kiến thời gian thực hiện hoàn thành công trình này vào cuối năm 2016.
Gia Huấn