Từ những kết quả to lớn của quá trình khai khẩn đất đai, hình thành nên các thôn, ấp trù phú, chính quyền phong kiến bắt đầu quan tâm đến việc thiết lập hệ thống hành chính ở Nam kỳ.
Tháng 02 năm 1698, Hiển Tông Hiếu minh Hoàng đế Nguyễn Phúc Chu sai Thống suất Chưởng cơ Lễ Thành hầu Nguyễn Hữu Cảnh vào kinh lược xứ Đàng Trong, chính thức xác lập đơn vị hành chính của Việt Nam tại vùng đất mới. Trên cơ sở các vùng đất do lưu dân Việt khai phá, Nguyễn Hữu Cảnh "đất Nông Nại đặt làm Gia Định phủ, lập xứ Đồng Nai làm huyện Phước Long, dựng dinh Trấn Biên; lập xứ Sài Gòn làm huyện Tân Bình, dựng dinh Phiên Trấn; Mỗi dinh đặt chức lưu thủ, cai bộ và ký lục để cai trị". Đất đai được mở rộng nghìn dặm; dân cư ở đây có hơn 4 vạn hộ nên chúa Nguyễn đã chiêu mộ thêm dân phiêu từ Bố Chính trở vào, làm cho dân cư ngày một đông đúc, phồn thịnh. Chúa còn sai Nguyễn Hữu Cảnh thiết lập xã thôn, phường ấp, định lệ thuế tô dung, làm sổ đinh điền. Vùng đất Tây Ninh lúc này thuộc huyện Tân Bình.
Năm 1808, thời Gia Long, trấn Gia Định được đổi là Gia Định thành. Tại vùng đất Tây Ninh, vua Gia Long cho thiết lập các đạo Quang Hóa, Quang Phong, Thuận Thành đặt trực thuộc trấn Phiên An. Đến năm Minh Mạng thứ 13 (1832), vua Minh Mạng chia toàn Nam kỳ làm sáu tỉnh, với tổng cộng 18 phủ, 43 huyện. Vùng đất Tây Ninh thuộc trấn Phiên An và triều đình cho "đặt đạo Quang Hóa và các thủ sở Thuận Thành, Quang Phong, Quang Phục, Quang Uy, Kiên Uy để coi giữ; các trại Phiêm, Chàm quy phụ kể có hàng ngàn....".
Năm Minh Mạng thứ 17 (Bính Thân, 1836), chuẩn tấu lời tâu của đình thần Trương Minh Giảng và Trương Đăng Quế, vua Minh Mạng cho "đổi tên tỉnh Phiên An thành tỉnh Gia Định, đổi An - Biên tổng đốc làm Định - Biên tổng đốc, đặt thêm phủ Tây Ninh, lãnh hai huyện Tân Ninh và Quang Hóa".
Theo Đại Nam nhất thống chí: "Phủ Tây Ninh ở cách tỉnh thành 147 dặm, Đông Tây cách nhau 103 dặm, Nam Bắc cách nhau 95 dặm, phía Đông đến địa giới huyện Bình Long phủ Tân Bình 66 dặm, phía Nam đến địa giới hai huyện Bình Dương và Cửu An 77 dặm, phía Bắc vượt qua núi Chiêng giáp đất Man 18 dặm, nguyên trước là đạo Quang Phong,... kiêm lí huyện Tân Ninh và thống hạt huyện Quang Hoá. Lãnh 2 huyện, 7 tổng, 56 xã".
Như vậy, năm Minh Mạng thứ 17 (năm 1836), phủ Tây Ninh chính thức được thành lập, gồm hai huyện Tân Ninh và Quang Hoá trực thuộc tỉnh Gia Định. Địa danh Tây Ninh với tư cách là một đơn vị hành chính cấp phủ lần đầu tiên có tên trên bản đồ hành chính Việt Nam.
Năm 1859, quân Pháp tiến đánh Gia Định. Sau khi chiếm lấy 3 tỉnh miền Đông Nam kỳ năm 1862, đến năm 1864, về mặt hành chính, Pháp chia miền Đông Nam kỳ làm 7 khu vực: Bà Rịa, Biên Hòa, Cần Giuộc, Mỹ Tho, Sài Gòn - Chợ Lớn, Tân An - Gò Công và Tây Ninh. Sau khi chiếm luôn 3 tỉnh miền Tây Nam kỳ, qua nhiều lần thay đổi cơ cấu hành chính, đến năm 1876, Thống đốc Nam kỳ quyết định chia vùng đất Nam kỳ thành 4 khu hành chính. Tiểu khu hành chính Tây Ninh đặt thuộc khu hành chính Sài Gòn cùng với 4 tiểu khu khác là: Sài Gòn, Thủ Dầu Một, Biên Hòa và Bà Rịa.
Ngày 20/12/1899, chính quyền thực dân Pháp ban hành nghị định đổi các hạt, tiểu khu trong các khu hành chính ở Nam kỳ và tại các vùng thuộc sở hữu của Pháp ở Đông Dương thành tỉnh, bắt đầu từ ngày 01/01/1900. Theo nghị định này, tiểu khu Tây Ninh được đổi thành tỉnh Tây Ninh.
Qua gần 40 năm dưới thời Pháp thuộc, sau nhiều lần thay đổi, từ ngày 01/01/1900, Tây Ninh trở thành đơn vị hành chính cấp tỉnh.
Như vậy, trên cơ sở khai phá của các cư dân Việt, từ cuối thế kỷ XVII, các chúa Nguyễn chính thức xác lập chế độ hành chính ở vùng đất Nam bộ. Tuy nhiên đến năm 1836, dưới triều vua Minh Mạng, địa danh Tây Ninh lần đầu tiên xuất hiện trên bản đồ hành chính Việt Nam. Trong những năm đầu xâm lược Việt Nam, chính quyền thực dân nhiều lần thực hiện thay đổi cấp hành chính Tây Ninh, từ phủ, huyện đến hạt (sở Tham biện). Đến năm 1900, cùng các địa phương khác ở Nam kỳ, Tây Ninh trở thành đơn vị hành chính cấp tỉnh. Sau đó, dù trải qua nhiều giai đoạn thăng trầm của lịch sử, nhưng tên Tây Ninh vẫn được giữ nguyên cho đến ngày nay.
Thay đổi đơn vị hành chính của Tây Ninh
Tháng 02 năm 1698, qua quá trình kinh lược xứ Đàng Trong của Thống suất Chưởng cơ Lễ Thành hầu Nguyễn Hữu Cảnh, phủ Gia Định được thành lập. Vùng đất Tây Ninh lúc này thuộc huyện Tân Bình, phủ Gia Định, dinh Phiên Trấn.
Tháng 10 năm Kỷ Hợi (1779), chúa Nguyễn Phúc Ánh cho thành lập đạo Quang Phong trên địa bàn tỉnh Tây Ninh ngày nay, trực thuộc dinh Phiên Trấn. Năm 1788, chúa Nguyễn Phúc Ánh chia Gia Định làm bốn dinh, gồm: Phiên Trấn, Trấn Biên, Trấn Vĩnh, Trấn Định. Vùng đất Tây Ninh thuộc dinh Phiên Trấn.
Năm 1802, vua Gia Long (Nguyễn Phúc Ánh) đổi phủ Gia Định thành Trấn Gia Định (đến năm 1808 gọi là Gia Định thành). Các dinh thuộc phủ cũng đổi thành trấn. Trong đó, dinh Phiên Trấn thành trấn Phiên An. Tại vùng đất Tây Ninh, cho thiết lập các đạo Quang Hóa, Quang Phong, Thuận Thành thuộc trấn Phiên An.
Năm 1832, vua Minh Mạng đổi trấn làm tỉnh, chia toàn Nam kỳ làm sáu tỉnh, gồm: Phiên An, Biên Hòa, Định Tường, Vĩnh Long, An Giang và Hà Tiên. Vùng đất Tây Ninh thuộc tỉnh Phiên An.
Đến năm 1836 (Minh Mạng thứ 17), tỉnh Phiên An đổi thành tỉnh Gia Định. Phủ Tây Ninh được thành lập trực thuộc tỉnh Gia Định, gồm hai huyện Tân Ninh và Quang Hoá.
Năm 1859, dưới triều Tự Đức, Nam kỳ được chia làm 3 quận. Phủ Tây Ninh gồm 2 huyện Tân Ninh và Quang Hóa thuộc tỉnh Gia Định, quận Định Biên.
Năm 1862, sau khi chiếm được 3 tỉnh miền Đông Nam kỳ, Pháp đặt chế độ hành chính quân sự ở đây. Phủ Tây Ninh thuộc tỉnh Gia Định, gồm hai huyện Tân Ninh (gồm huyện Quang Hoá cũ và 5 tổng) và huyện Bình Long (gồm 5 tổng).
Ngày 09/11/1864, Đô đốc De la Grandière chuyển chế độ hành chánh Nam kỳ từ quân sự sang dân sự bằng việc thiết lập các sở Tham biện. Sở Tham biện Tây Ninh gồm huyện Tân Ninh và huyện Quang Hóa. Năm 1866, thành lập thêm sở tham biện Trảng Bàng.
Năm 1867, sau khi chiếm luôn 3 tỉnh miền Tây, Pháp chia Nam kỳ làm 6 tỉnh với 24 Sở Tham biện. Ở Tây Ninh, lập hai sở Tham biện Tây Ninh và Quang Hoá (thay cho sở Tham biện Trảng Bàng). Ngày 01/01/1868, đổi sở Tham biện Quang Hóa thành sở Tham biện Trảng Bàng. Năm 1871, sáp nhập sở tham biện Tây Ninh và Trảng Bàng thành sở Tham biện Tây Ninh.
Ngày 05/01/1876, Thống đốc Nam kỳ ra nghị định phân chia vùng đất Nam kỳ thành 4 Khu hành chính. Mỗi khu hành chính được chia thành các tiểu khu. Tiểu khu hành chính Tây Ninh cùng với 4 tiểu khu là Sài Gòn, Thủ Dầu Một, Biên Hòa và Bà Rịa thuộc Khu hành chính Sài Gòn.
Ngày 01/01/1900, Toàn quyền Pháp ở Đông Dương thành lập tỉnh Tây Ninh. Tỉnh Tây Ninh gồm hai quận: Thái Bình (năm 1942 đổi tên là Châu Thành), có tất cả 7 tổng, 34 làng; quận Trảng Bàng, có 3 tổng, 16 làng.
Năm 1949, chính quyền cách mạng tách một phần đất của huyện Châu Thành thành lập huyện Khăng Xuyên. Đến năm 1953, huyện Khăng Xuyên được sáp nhập trở lại vào huyện Châu Thành.
Tháng 5/1951, Trung ương Cục miền Nam chia toàn Nam bộ thành hai Phân Liên khu: Phân Liên khu miền Tây và Phân Liên khu miền Đông, đồng thời sáp nhập một số tỉnh. Tây Ninh cùng hai huyện Hóc Môn, Gò Vấp (tỉnh Gia Định) và hai huyện Đức Hoà Thành, Trung Huyện (tỉnh Chợ Lớn) sáp nhập thành tỉnh Gia Định Ninh. Cũng trong năm này, huyện Dương Minh Châu được thành lập thuộc tỉnh Gia Định Ninh, gồm 5 xã: Ninh Thạnh, Thạnh Bình, Chơn Bà Đen, Định Thành và Phước Ninh.
Sau Hiệp định Genève, tháng 8/1954, tỉnh Tây Ninh được tái lập lại như trước. Cùng với đó, Thị xã Tây Ninh cũng được thành lập trên phần đất xã Thái Hiệp Thạnh. Huyện Toà Thánh, nay là huyện Hoà Thành cũng ra đời. Năm 1960, huyện Toà Thánh sáp nhập về huyện Dương Minh Châu, rồi tái lập sau vài tháng.
Sau chiến thắng Tua Hai 1960, tỉnh căn cứ C.1000 được thành lập gồm các huyện Châu Thành, Dương Minh Châu, Tân Biên ngày nay. Sau vài tháng, tỉnh C.1000 giải thể. Năm 1961, thành lập huyện Bến cầu. Đồng thời, tách một phần đất huyện Trảng Bàng để thành lập huyện Gò Dầu.
Tháng 10/1967, chuẩn bị cho tổng tiến công xuân Mậu Thân 1968, huyện Trảng Bàng được nhập về Phân khu I (gồm Trảng Bàng, Dầu Tiếng, Bến Cát, Củ Chi, Hóc Môn, Gò Vấp). Năm 1972, huyện Trảng Bàng được trả lại về Tây Ninh.
Sau ngày 30/4/1975, Tây Ninh có 07 huyện, 01 thị xã với 73 xã, gồm: Trảng Bàng, Gò Dầu, Bến Cầu, Phú Khương (Toà Thánh), Châu Thành, Dương Minh Châu, Tân Biên và Thị xã Tây Ninh. Đến năm 1979, Phú Khương đổi thành Hòa Thành cho đến nay.
Năm 1989, thành lập thêm huyện Tân Châu trên phần đất của 02 huyện: Tân Biên và Dương Minh Châu.
Năm 2001, theo Nghị định số 46/2001/NĐ-CP của Chính phủ, các xã Tân Bình, Ninh Sơn, Ninh Thạnh, Thạnh Tân, Hiệp Ninh và 139 ha diện tích đất tự nhiên với 7.815 nhân khẩu của 02 ấp (Hiệp Định và Hiệp An) của xã Hiệp Tân tách khỏi Hoà Thành, sáp nhập về Thị xã Tây Ninh. Năm 2013, Thị xã Tây Ninh trở thành Thành phố Tây Ninh theo Nghị quyết số 135-2013/NQ-CP, ngày 29/12/2013 của Chính phủ.
Hiện tại, tỉnh Tây Ninh có 08 huyện và 01 thành phố thuộc tỉnh, gồm: Trảng Bàng, Gò Dầu, Bến Cầu, Hoà Thành, Châu Thành, Dương Minh Châu, Tân Biên, Tân Châu và Thành phố Tây Ninh, với 7 phường, 8 thị trấn và 80 xã.