Khi tiến hành nộp đơn đăng ký nhãn hiệu quốc tế, tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ các hồ sơ liên quan đến việc đăng ký nhãn hiệu (về điều kiện, thủ tục hồ sơ, ngôn ngữ, chi phí,…) theo quy định pháp luật của nước sở tại về đăng ký nhãn hiệu. Việc nộp đơn đăng ký nhãn hiệu quốc tế có hai hình thức: Nộp đơn qua hệ thống Madrid tại Cơ quan Sở hữu trí tuệ thế giới (WIPO), hoặc nộp đơn trực tiếp tại quốc gia đó. Do Việt Nam hiện là thành viên của cả Thỏa ước Madrid và Nghị định thư Madrid nên tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp khi đăng ký nhãn hiệu quốc tế (ở quốc gia thuộc hệ thống Madrid) chỉ cần nộp đơn đến Cục Sở hữu trí tuệ.
Đối với đơn nộp tại Quốc gia thuộc hệ thống Madrid: sau khi nhận đơn, Cục Sở hữu trí tuệ (Văn phòng Quốc tế) sẽ xác nhận ngày nộp đơn ở Việt Nam của đơn quốc tế, kiểm tra và xác nhận các thông tin nêu trong đơn; thông báo các khoản phí, lệ phí cần nộp; gửi đơn đến Văn phòng Quốc tế ở Giơ-ne-vơ (Thụy Sỹ). Cục Sở hữu trí tuệ hỗ trợ thông báo của Văn phòng Quốc tế về đơn đăng ký quốc tế. Còn quá trình theo dõi đơn đăng ký bảo hộ nhãn hiệu quốc tế tại nước sở tại (giải trình, chứng minh, bổ sung hồ sơ, …) thì tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp phải tự theo dõi. Đối với đơn nộp trực tiếp tại quốc gia ngoài hệ thống Madrid: tổ chức, cá nhân chuẩn bị đầy đủ các hồ sơ liên quan đến việc đăng ký nhãn hiệu và nộp trực tiếp đến quốc gia đó.
Trong việc nộp đơn quốc tế đăng ký nhãn hiệu, tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp thường gặp rất nhiều khó khăn trong việc chuẩn bị và đáp ứng yêu cầu về hồ sơ theo quy định của nước sở tại; gặp khó khăn trong quá trình theo dõi đơn, thông tin trao đổi, giải trình, chứng minh, bổ sung hồ sơ, … khi có yêu cầu của nước sở tại. Do vậy, tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp rất khó để tự đăng ký nhãn hiệu quốc tế. Khi đăng ký nhãn hiệu quốc tế, tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp thường thông qua Tổ chức dịch vụ đại diện sở hữu công nghiệp (tổ chức dịch vụ theo quy định của pháp luật về Sở hữu trí tuệ) để Tổ chức dịch vụ đó chuẩn bị đầy đủ các thành phần hồ sơ theo quy định và đại diện mình (ủy quyền) nộp hồ sơ, theo dõi, phúc đáp trong quá trình thụ lý, xử lý đơn của nước sở tại. Việc thông qua Tổ chức dịch vụ đại diện sở hữu công nghiệp thường làm chi phí đăng ký nhãn hiệu gia tăng.
Luật Sở hữu trí tuệ khuyến khích thành lập các Tổ chức dịch vụ đại diện sở hữu công nghiệp nhằm hỗ trợ hoạt động đăng ký bảo hộ, phát huy giá trị tài sản trí tuệ trong và ngoài nước của tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp. Hiện nay trên địa tỉnh chưa có Tổ chức dịch vụ đại diện sở hữu công nghiệp. Với chức năng, nhiệm vụ được giao, trong thời gian qua, Sở Khoa học và Công nghệ đã hướng dẫn, hỗ trợ tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp trong đăng ký bảo hiệu nhãn hiệu trong nước (do Cục Sở hữu trí tuệ cấp văn bằng). Còn việc hỗ trợ đăng ký nhãn hiệu quốc tế, Sở Khoa học và Công nghệ chưa có tiếp nhận trường hợp nào, tuy nhiên nếu có cũng chỉ dừng lại trong việc hỗ trợ cung cấp đến tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp phương thức nộp hồ sơ, thông tin, biểu mẫu về thành phần hồ sơ. Hiện tại, yêu cầu về đội ngũ nhân lực chuyên môn về sỡ hữu trí tuệ còn hạn chế, cơ quan nhà nước chưa đáp ứng yêu cầu về pháp nhân (đại diện cho tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp tiến hành nộp hồ sơ đăng ký nhãn hiệu quốc tế). UBND tỉnh sẽ ghi nhận và định hướng các đơn vị có ý kiến xử lý cụ thể trong thời gian tới.